Заява подається за 10 календарних днів до очікуваного початку перевірки. Регламент проведення перевірки, у тому числі форма заяви, порядок її подання, прийняття рішення про проведення електронної перевірки затверджено наказом Міністерства доходів і зборів України від 03.06.13 р. № 143. Разом із заявою платником подаються в електронній формі документи, необхідні для її проведення. За результатами електронної перевірки складається довідка, яка надається платнику податків для усунення виявлених порушень.

Протягом 20 робочих днів після дати складання такої довідки платник повинен в порядку, встановленому статтею 50 Податкового кодексу України, подати уточнюючий розрахунок до податкової декларації, за якою встановлено порушення податкового законодавства. Якщо протягом зазначеного терміну платник не подає уточнюючий розрахунок з виправленими показниками, то працівники органів Міндоходів мають право на проведення позапланової перевірки платника податків за відповідний період з усіма її наслідками.